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律师解答：
分居三个月后双方起诉离婚的，子女抚养权由双方协商。如不能达成协议，由人民法院判决。一般来说，两岁以下的孩子会判给女方。人民法院审理离婚案件，应当从有利于子女身心健康、维护子女合法权益的角度，兼顾双方父母的抚养能力和抚养条件等具体情况，妥善解决子女抚养问题。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第1084条父母与子女的关系，不因父母离婚而消灭。离婚后，孩子还是父母双方的孩子，不管是不是父母直接抚养。
离婚后，父母仍有抚养、教育和保护子女的权利和义务。
离婚后，不满两岁的子女由母亲直接抚养。对已满二周岁的子女，父母未能就抚养问题达成协议的，由人民法院根据双方的具体情况，本着最有利于未成年子女的原则判决。年满八周岁的儿童应当尊重他们的真实意愿。