禁止近亲结婚是基于现代科学。近亲繁殖的危害用遗传规律来证明。
父母的生理病理特征通过父母双方的生殖细胞传递给下一代。在这个过程中，细胞核中的染色体起着主要作用。人体每个细胞有23对染色体，包括46条染色体，其中2条为性染色体，44条为常染色体。每条染色体上都覆盖着基因。基因是传递遗传信息的基本单位，是染色体上的一段聚苯酸链。它携带的遗传密码决定了蛋白质多肽链的氨基酸序列和长度，从而决定了所得蛋白质的特异性。
基因中充满了来自父母的各种遗传密码，巧妙地控制着人体各个部位的生长发育，并将父母的特征传递给后代。人们经常掺杂个别有害基因，称为致病因素。致病基因分为隐性基因和显性基因。与隐性基因相关的遗传病称为隐性遗传病，如苯丙酮尿症、婴儿黑尿症、黑尿症、先天性纤维蛋白缺乏症、先天性肾上腺增生等。已知7000多种。近几十年来，人群中传染病的发病率逐渐下降，而遗传病的相对发病率却逐年上升。如果父母血缘关系密切，就会有很多相同的病态基因，很容易把双方的身心缺陷和弱点集中起来，遗传下来，伤害孩子。
近亲繁殖时，往往有相同的基因。当一个人是某种致病基因的携带者时，另一个人很可能也会这么做。两种致病基因相遇的机会更多，所以儿童遗传病的机会也更多。